El protagonista de la aventura es el soldado B. J. Blazkowicz, un agente infiltrado en las lineas del Tercer Reich intenta destapar los macabros planes de uno de los máximos dirigentes de la cúpula nazi y Reichsführer de las SS Heinrich Himmler. Para lograr completar con éxito la misión deberemos recorrer los pasadizos del Castillo de Wolfenstein donde los científicos alemanes juegan a ser Dios.